La Junta de Ciencias Naturales tuvo un gran papel cohesionador de las instituciones dedicadas al cultivo de las ciencias naturales en la ciudad de Barcelona. Las publicaciones promovidas por la Junta son un excelente testimonio de la importancia que adquirió dicho organismo y de la visión adelantada a su época que mostró en cuanto a la relación entre las sociedades desarrolladas y el respeto a los recursos naturales, fundamentalmente en la década de los años veinte del siglo pasado. En esta sección se incluyen publicaciones de la Junta entre los años 1910 y 1937, publicaciones anteriores del Ayuntamiento de Barcelona (1888-1899) y otras publicaciones coetáneas del Museo de Ciencias Naturales de Barcelona (1922-1928) y también posteriores: las del Instituto Municipal de Ciencias Naturales (1947-1957), organismo que prosiguió las funciones de la Junta tras la Guerra Civil. Toda esta producción científica es muy variada en cuanto a temas (geología, paleontología, mineralogía, petrología, entomología, botánica, malacología, vertebrados, herpetología…) y también contiene memorias y publicaciones técnicas y divulgativas.
Miscel·lània Zoològica: ISSN 0211-6529, e-ISSN 2339-7330
Treballs del Museu de Zoologia: ISSN 0211-0687, e-ISSN 2385-4340
La revista Miscel·lània Zoològica publicó el primer volumen en el año 1958. Entonces era editada por el Museo de Zoología de Barcelona, lo que explica su especialización y el título de la publicación, que apareció anualmente hasta el año 2000. Sólo una interrupción durante una etapa de cambio, entre 1982 y 1983, alteró el ritmo de diseminación de datos zoológicos, que se reemprendió en el año 1984 con una nueva publicación periódica denominada Treballs del Museu de Zoologia de Barcelona. Esta segunda serie tiene un carácter monográfico, sin un compromiso definido respecto al calendario de publicación. En el año 1995 se publicó el último de los siete volúmenes editados.
El relevo de la revista Miscel·lània Zoològica lo tomó una nueva publicación, Animal Biodiversity and Conservation, orientada desde sus inicios, en el año 2001, a convertirse en vehículo de difusión de la investigación científica de calidad en zoología y biología de la conservación. En la tradición de Miscel·lània Zoològica también existía una gran aportación de carácter más faunístico que finalmente se ha conectado con la creación de otra publicación, en el año 2004, esta exclusivamente electrónica, Arxius de Miscel·lània Zoològica. La renovación del papel editorial representado por Miscel·lània Zoològica se ve reflejado, así pues, en la aparición de estas dos nuevas series.
En paralelo, la línea de publicación de estudios en profundidad Treballs del Museu de Zoologia también se modernizó y en el año 2003 pasó a denominarse Monografies del Museu de Ciències Naturals.